Einem Bericht der „Augsburger Allgemeinen“ zufolge wurde die bayerische Staatskanzlei bereits im Dezember 2020 über Bauverzögerungen und Kostenexplosionen bei der zweiten Stammstrecke in München gewarnt. Ein Brandbrief aus dem Bauministerium, der dringenden Handlungsbedarf nahegelegt habe, wurde demzufolge ignoriert. Vorab soll das Bauministerium im September 2020 von der Deutschen Bahn entsprechende Hinweise erhalten haben. Dazu Sebastian Körber, verkehrspolitischer Sprecher der FDP-Landtagsfraktion:
„Die Dramaturgie beim Bau der zweiten Stammstrecke hat mittlerweile alles, was ein guter Krimi braucht: Ablenkungs- und Täuschungsmanöver, Anklagen, Lügen. Damit erweist Ministerpräsident Söder dem Projekt einen Bärendienst. Unlängst behauptete Finanzminister Füracker noch, dass die zweite Stammstrecke ein Projekt des Bundes sei. Verkehrsminister Bernreiter dagegen will von allem nichts wissen, weil das vor seiner Zeit als Minister entschieden worden sei. Einig ist sich die Söder-Regierung nur, einmal mehr der Ampel-Koalition in Berlin die Schuld zu geben. Dabei haben alle drei – Söder, Füracker, Bernreiter – verschwiegen, dass die Deutsche Bahn bereits im September 2020 das Staatsministerium für Wohnen, Bau und Verkehr über Mehrkosten und eine Verzögerung der Inbetriebnahme informierte. Die bayerische Staatsregierung hat die Fakten bewusst verschwiegen und auf Zeit gespielt. Warum? Wollte sie Söders Kanzlerambitionen durch schlechte Presse nicht gefährden?
Verkehrsminister Bernreiter hat im Ausschuss für Wohnen, Bau und Verkehr bereits jegliche Glaubwürdigkeit verspielt. Wir sehen dringenden Handlungsbedarf und fordern Aufklärung und Transparenz – und zwar sofort!“